Do zakresu działania Pełnomocnika ds. Ochrony Informacji Niejawnych należy:
realizacja obowiązków wynikających z ustawy z dn. 22. 01. 1999 r. o ochronie informacji niejawnych (Dz. U. z 2005 r., Nr 196, poz. 1631 ze zm.), w tym m. in:
zapewnienie ochrony informacji niejawnych, w tym ich ochrony fizycznej,
nadzór nad ochroną systemów i sieci teleinformatycznej, w których są wytwarzane, przetwarzane, przechowywane lub przekazywane informacje niejawne,
kontrola ochrony informacji niejawnych oraz zapewnienie przestrzegania przepisów o ochronie tych informacji w Urzędzie,
okresowa kontrola ewidencji, materiałów i obiegu dokumentów niejawnych,
opracowanie planu ochrony informacji niejawnych Urzędu i nadzorowanie jego realizacji,
szkolenie pracowników w zakresie ochrony informacji niejawnych,
prowadzenie zwykłego postępowania sprawdzającego,
nadzór nad kancelarią tajną,
współpraca z właściwymi jednostkami służb ochrony państwa,
nadzór nad prowadzeniem dokumentacji wymaganej ustawą z dnia 29 sierpnia 1997 r. o ochronie danych osobowych ( Dz.U. z 2002 r., Nr 101, poz. 926 ze zm.),
nadzór nad przygotowywaniem upoważnień do przetwarzania danych osobowych,
nadzór nad zgłaszaniem zbiorów danych osobowych Generalnemu Inspektorowi Ochrony Danych Osobowych,
nadzór nad administrowaniem i przetwarzaniem danych osobowych w Urzędzie oraz podejmowanie działań zmierzających do wyjaśnienia okoliczności naruszenia przepisów o ochronie danych osobowych.